Ovde je nastavio svoje školovanje i sa odličnim uspehom, završio osnovnu školu i gimnaziju, a potom je, zajedno sa ocem, otišao u Ohrid kod episkopa Nikolaja (Velimirovića) da zatraži blagoslov za upis na Bogoslovski fakultet u Beogradu.
Osuđen je u martu 1948. na 11 godina zatvora s teškim radom, pod optužbom za antidržavnu zaveru, oslobođen je u julu 1951, nakon što je razrešen crkvenih dužnosti.
Robijao je u zatvorima Sarajeva, Stoca, Zenice i Sremske Mitrovice, a potom i još dvanaest godina u kućnom pritvoru u manastirima: Vavedenje, Gomionica,Krušedol i Beočin.
Komunisti mu nisu dozvolili da se vrati na svoju eparhijsku katedru. Umro je 12. novembra 1964. godine pod sumnjivim okolnostima u manastiru Beočinu. Po svedočenju episkopa sremskog Vasilija umro je nakon intervencije zubara, koji mu je stavio otrov u zub. Sahranjen je u manastiru Beočin.
Kanonizovan je, a posvećen mu je Hram Svetog Varnave Hvoštanskog na Vranješu. Doživotni saradnik i sekretar vladike Varnave je bio Lazar Babić, veliki poštovalac srpske dobrotvorke Delfe Ivanić.
Inače Delfa Ivanić je pisala Titu i tražila da nju osude na smrt umesto đenerala Draže Mihailovića!Bila je osuđena i izgubila je sva građanska prava!Njen muž je bio prvi upravnik grada Drača u Albaniji posle oslobođenja 1913 godine!